Die empfindlichste Methode zur Beurteilung von Bauchspeicheldrüsenerkrankungen ist die Endosonographie. Bei unklaren Raumforderungen kann mittels Endosonographie der Prozess mit einer sehr feinen Nadel gezielt punktiert (endosonographische Feinnadelpunktion – EUS-FNA) werden und Zellmaterial zur weiteren Untersuchung gewonnen werden. 

Veränderungen innerhalb des Bauchspeicheldrüsengangs können mit einem speziellen Miniendoskop (Pankreatikoskop / SpyGlass System) untersucht und gezielt Gewebeproben entnommen werden. Diese Methode eignet sich auch, blockierende Steine innerhalb des Bauchspeicheldrüsengangs bei chronischer Bauchspeicheldrüsenentzündung (chronischer Pankreatitis) zu entfernen. 

Bei narbigen Engstellen des Bauchspeicheldrüsengangs im Rahmen einer chronischen Pankreatitis können dünne Plastikröhrchen (Endoprothesen) in den Bauchspeicheldrüsengang eingelegt werden.

Im Rahmen von akuten und chronischen Bauchspeicheldrüsenentzündungen kommt es häufig zur Ausbildung von großen Zysten (Pseudozysten), die aufgrund ihrer Größe zu Beschwerden führen können. Diese Zysten können mittels Endosonographie durch die Magenwand hindurch entleert werden (transgastrale Zystendrainage). Wenn sich solche Zysten infizieren, muss diese Maßnahme oft notfallmäßig durchgeführt werden.

Bei der schweren nekrotisierenden Bauchspeicheldrüsenentzündung kann das verflüssigte abgestorbene Gewebe und die häufig damit verbundene Infektion endosonographisch gesteuert schonend durch die Magenwand hindurch ausgeräumt und somit eine große Operation erspart werden (transgastrale Nekrosenausräumung).