Ein Institut für Pathologie hat diagnostische Aufgaben: der Pathologe soll durch die Untersuchung von Organen, Geweben oder Zellen einen morphologischen Befund erheben und damit den klinisch tätigen Arzt bei der Erkennung von Krankheiten und ihren Ursachen, bei der Überwachung des Krankheitsverlaufs und der Bewertung therapeutischer Maßnahmen unterstützen und beraten. Die Tätigkeit der Pathologen hat einen unmittelbaren klinischen Bezug.

Für die morphologische Diagnostik von Krankheiten stehen zur Verfügung: zum einen zytologische Untersuchungsverfahren, zum andern die histologische Untersuchung von chirurgisch entfernten Organen oder von Probeexcisionen und Biopsien, die heute aus fast allen Organen entnommen werden können. Bei der Bearbeitung dieser Proben werden neben konventionellen Methoden in zunehmendem Maße auch immunhistochemische und molekularpathologische Methoden eingesetzt.

Die pathologisch-anatomische Diagnostik ist eines der effektivsten Verfahren in der diagnostischen Medizin,  da durch die einmalige Begutachtung einer Gewebeprobe innerhalb kurzer Zeit  sichere und oft weichenstellende diagnostische  Aussagen getroffen werden können. Bis heute kann die  Diagnose gutartiger und bösartiger Tumoren mit Sicherheit nur durch die feingewebliche Untersuchung -also durch den Pathologen- gestellt werden

Von großer Bedeutung für die Aufklärung von Krankheiten, von Todesursachen und auch versicherungsmedizinischen Zusammenhangsfragen ist die klinische Obduktion. Sie hat einen hohen Stellungswert für die Qualitätssicherung in der Medizin.